El museo cuenta con varias salas. La sala de arqueología exhibe cerámica, metalurgia, lapidaria, escultura, principalmente purhépecha y proveniente del Opeño (Jacona), Chupícuaro, Ihuatzío, Tzintzuntzan, etc. Destacan vasijas, pipas, collares, hachas obsidianas etc. La sala de armas tiene armaduras, pistolas, sables, arcabuces y trabucos de trinchera con cañón, utilizados por los Insurgentes. La sala colonial exhibe pinturas del s. XVIII, destacando el gran cuadro del traslado de las Monjas a su nuevo convento, muebles, jarrones de Talavera y loza entre otros objetos, la biblioteca de fray Alonso de la Veracruz, que reúne la colección de la Casa de Altos Estudios de Tiripitío, entre otros tesoros. 

Museo del Estado
Es la casa donde vivió Ana Huarte, esposa de Agustín de Iturbide. Exhibición permanente de objetos de las diferentes etapas de la historia de Michoacán, desde la época prehispánica hasta el pasado reciente. 

Casa Museo José María Morelos y Pavón. 
La ciudad de Morelia y el Instituto Nacional de Antropología e Historia la designaron Monumento Nacional. Este edificio se conserva en el mismo estado que a principios del siglo XIX, sin alterar las características de la época. Aquí se exhiben prendas, muebles y objetos personales del héroe insurgente. En la planta baja se halla el archivo del Arzobispado de Michoacán. 

Museo de Arte Contemporáneo. 
Cuenta con trece salas de exhibición, donde se pueden admirar valiosas obras, aparte de exposiciones periódicas. Destacan las salas J. Clemente Orozco, Alfredo Zalce, J. Guadalupe Posada, Manuel Pérez Coronado, y una interesante pinacoteca con pinturas al óleo, acuarelas, acrílicos, dibujos al carbón, xilografías, litografías, grabados y fotografías, alternando con esculturas y tallas en madera. 

Museo de Arte Colonial. 
Colecciones de obras de la época de virreinato: documentos, pinturas y cristos, algunos de éstos, hechos de pasta de caña de maíz, que datan del tiempo de la evangelización. 

Museo de Historia Natural. 
Muestra al visitante diversos aspectos de las Ciencias Naturales, poniendo especial interés en el desarrollo de la conciencia ecológica.